Amérique du sud, décembre 1801. L'explorateur Alexander von Humboldt s'empare du Marsupilami et de trois de ses oeufs. Une trouvaille exceptionnelle, qui finira pourtant dans un recoin du musée d'Histoire naturelle de Berlin... C'est là, en 1931, que Mimi, une petite fille, va rencontrer le Marsupilami. Ensemble, ils vont mettre Berlin sens dessus dessous et tenter de retrouver les oeufs disparus !