Après une première saison axée sur la course contre la montre de six personnages pris dans les rouages d'un complot scientifico-financier, ce nouveau chapitre de la série Alter Ego démarre trois ans après que le secret des Alter Ego a été dévoilé au monde. L'onde de choc médiatique est passée, et l'opinion se divise désormais en trois catégories : ceux qui croient à l'existence des Alter Ego, ceux qui n'y croient pas, et ceux qui, ne sachant que penser de cette découverte, doutent.

La deuxième saison se déroule autour de trois nouveaux héros : Teehu, Delia, Gail. Chacune de leurs aventures peut se lire indépendamment.